Anatomie rostlin čili fytotomie je podobor botaniky a anatomie, zabývající se vnitřní stavbou těl rostlin. Do jisté míry se v praxi překrývá s morfologií rostlin, která se zajímá o jejich vnější (celkovou) stavbu.[1] Na základě odlišných anatomických a morfologických vlastností je tvořen botanický systém a zároveň pomáhají pochopit evoluční vztahy mezi druhy i vyššími taxony.